Σύμφωνα με την αποστολή του, το Τμήμα Φιλολογίας διοργανώνει και προσφέρει Προγράμματα Mεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ). Το Τμήμα Φιλολογίας είναι υπεύθυνο για:

1. Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Αρχαία και Νέα Ελληνική Φιλολογία», Ειδίκευση «Αρχαία Ελληνική Φιλολογία» (ΦΕΚ 3123/B/31-07-2018)

2. Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Αρχαία και Νέα Ελληνική Φιλολογία», Ειδίκευση «Νέα Ελληνική Γλώσσα και Φιλολογία» (ΦΕΚ 3123/B/31-07-2018)

3. Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών σε συνεργασία με το Ινστιτούτο Έρευνας Βυζαντινού Πολιτισμού (ΙΝ.Ε.ΒΥ.Π) στον Μυστρά – Βυζαντινός Κόσμος: Η σχέση του με την Αρχαιότητα και τον νεότερο Ελληνισμό (το οποίο τελεί υπό την αιγίδα του Τμήματος) (ΦΕΚ 3180/B/02-08-2018)